Die technische Innovation bringt aber auch eine organisatorische Änderung im Arbeitsablauf der IT-Abteilung mit sich. Nicht mehr die reine Schnittstellendefinition und Programmierung ist die tägliche Arbeitsaufgabe der Mitarbeiter in den IT-Abteilungen, sondern die Steigerung der Prozessleistung in den Fachabteilungen. IT-Verantwortliche müssen zukünftig ein profundes Know-how im Prozessmanagement besitzen und sich immer tiefer in die fachlichen Prozessmodelle eindenken, um auch betriebswirtschaftliche Abhängigkeiten zu verstehen. Um diese Ausweitung der notwendigen Fähigkeiten einer IT-Abteilung betriebswirtschaftlich sinnvoll darstellen zu können, müssen Unternehmen ihre IT-Organisation anders strukturieren: Einerseits in IT-Fachabteilungen, die als Schnittstelle zwischen den organisatorischen Fachabteilungen und der zentralen IT-Abteilung dienen; andererseits in die dahintergelagerte zentrale IT-Abteilung.
Den IT-Fachabteilungen kommen dabei entscheidende Aufgaben für die betriebliche Umsetzung einer SOA zu. Sie übersetzen die Anforderungen der Fachabteilungen in das im Unternehmen benutzte Metamodell zur funktionalen Servicebeschreibung. In diesem werden den einzelnen betrieblichen Funktionen unternehmensweit Begriffe zur fachlichen Funktionsbeschreibung zugeordnet. Darüber hinaus prüfen die IT-Fachabteilungen, ob nicht ein nutzbarer Service bereits vorhanden ist. Sie leiten gegebenenfalls die Anforderungen an die IT-Abteilung weiter, die dann gemäß der Anforderungen der IT-Fachabteilungen die jeweiligen Services zur Verfügung stellt. Neben der Definition des Metamodells zur funktionalen Servicebeschreibung benötigt das Unternehmen für die Aufteilung der Aufgaben zwischen Fachabteilung (organisatorische Anforderungsbeschreibung), IT-Fachabteilung (Transformation der organisatorischen Anforderungen in technische Beschreibungen) und IT-Abteilung (Umsetzung der technischen Anforderungen) ein Regelwerk. Dieses ist Teil der so genannten SOA-Governance.
